Ich vermute mal folgendes:
Mozilla liest die Favoriten aus der Registy und dort waren die auch noch, bloß irgendwie hat irgendwas oder irgendjemand den Internet Explorer "manipuliert" und der hat entweder gar nichts mehr importiert, oder konnte mit den Daten nichts mehr anfangen - eventuell auf die falsche Position in der Registry verwiesen?
Aber ich hab mit dem Internet Explorer schon seit Ewigkeiten nicht mehr gearbeitet.